첫째, 종래 의학의 공상적(空想的) 이론을 배격하고 실용성을 중요시하여 지극히 과학적 입장에서 당시 의학계의 모든 지식을 정리하였습니다.

둘째, 향약(鄕藥 : 우리나라의 약 재료와 그것으로 만든 약품)의 중요성을 인식하고 그 이용과 보급을 강조하였으며, 이를 위해 향약 중 640개의 이름을 한글로 표기하여 쉽게 이용토록 함으로써 우리나라 의학을 부흥시키고자 하였습니다.

셋째, 80여종의 많은 국내외 의서를 참고하여 편찬했기 때문에 내용이 풍부하여 시간적 여유가 없는 임상의(臨床醫)에게 매우 유용하게 활용되었습니다.

넷째, 우리나라 의학수준을 세계에 과시하였습니다. 즉, 병증에 따라 병에 대한 해설과 약 처방을 모두 수록하였고, 출전(出典)과 민간처방 및 본인의 경험까지 기록하여 위원들의 욕구를 충족시킬 수 있었기 때문에 국내는 물론 중국과 일본에서도 여러 차례 간행되었습니다. 우리나라 사람의 저술이 이렇게 많은 사람들에게 읽히기는 이 책이 처음이었습니다.

다섯째, 이 책에서 허준은 우리나라 의학을 하나의 독립된 의학으로 간주하고 있습니다. 그는 중국 의학을 북의(北醫)와 남의(南醫)로 나누고 우리나라 의학을 동의(東醫)라 하였는데, 그것은 조선이 단지 동쪽에 있습니다는 지역적인 이유에서가 아니라 독자적으로 의학을 연구하여 왔기 때문이며, 이로써 한국 의학이 중국과 대등한 전통과 수준을 지니고 있음을 주장하였던 것입니다.

이와 같이 「동의보감」은 그 학술적 가치 이외에 실용적 가치와 역사적 의의도 지니고 있는 것입니다.
허준은 「동의보감」이외에도 여러 권의 책을 저술·번역하였습니다. 즉, 1601년에는 세조 때의「구급방」을 번역한 「언해두창방」과 임원준의 「창진집」을 번역·개편한「언해태산집요」를 편찬하였으며, 1612년에는 「찬도방론맥결집성」을 편술하였고, 이듬해에는「신찬벽온방」과「벽역신방」을 편찬하였는데, 이 두 책은 전염병 전문 의서로서, 매우 예리한 관찰을 토대로 편찬하였습니다는 점에서 탁월한 과학적 의서로 평가되고 있습니다.

허준은 상급 기술관인 의관으로서 치료에 능함은 물론 선조와 광해군의 두터운 신임과 의학에 대한 열정으로 「동의보감」을 비롯한 여러 의서를 저술하고, 여러 의서를 한글로 번역, 이를 널리 보급함으로써 우리나라 의학의 학문적·기술적 발전에 큰 공적을 남긴 인물이었습니다.

그는 실사구시(實事求是)의 실증적 자세와 뛰어난 관찰력, 고전에 대한 해박한 지식을 임상 의학에 연결시킴으로써 체계적이고 실용적인 의학 체계를 이룩하였습니다. 이로 말미암아 허준 이후의 의학자들에 막대한 영향을 끼쳤으며, 의학이 민간으로 쉽게 파급되는 계기를 마련하였으니, 우리나라 의학사상 일대 전환기를 마련하였으며 아직까지도 '동양(東洋)의 의성(醫聖)'으로 추앙받고 있습니다.